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La arqueología divide al tiempo comprendido entre el fin del Paleoindio o Precerámico y la invasión española, en 4 periodos:

1. Formativo. Arranca hace unos 6.400 años y finaliza hace unos 2.300 años. Se diferencia del Paleoindio por la ampliación de las poblaciones y campos de cultivo, la creación de la cerámica y un cierto nivel de especialización en la sociedad. Las estrategias más importantes de producción de alimentos se establecen en esta época, primero con la implementación de cultivos en las tierras bajas húmedas junto a ríos. Hacia el final del periodo, la cultura Chorrera representa una unificación cultural con algunas variantes en toda la costa, y con fuertes influencias en la sierra; en tiempos de Chorrera se inicia la agricultura de roza y quema en las laderas boscosas, y los sistemas de camellones en las llanuras fluviales. Las culturas más representativas del periodo son: Valdivia, Mayo Chinchipe, Machalilla, Chorrera, Cotocollao, Cerro Narrío. (Zeidler, 2008).

2. Desarrollo Regional. Inicia hace unos 2.300 años y se extiende hasta aproximadamente hace 1.500 años, es decir 500 d.C. Este periodo se caracteriza por el surgimiento de una diversidad de culturas en ambientes delimitados, con diferencias que se notan en su cerámica y otras manifestaciones materiales de su cultura. La sociedad también se diversifica, con mayor especialización en distintas tareas. Las culturas más representativas del periodo son: La Tolita, Jama-Coaque, Bahía, Guangala. (Masucci, 2008).

3.Integración, empezando alrededor del año 500 y terminando en el 1.500. La diversidad de culturas del periodo anterior va desapareciendo al consolidarse culturas que ocupan territorios cada vez mayores. Las amplias redes de comercio, la producción intensiva de textiles, los extensos campos de cultivo y los avances en la metalurgia marcan el periodo. La mayor organización social permite que los sistemas de camellones se extiendan enormemente, así como los sistemas de andenería y catacochas. Las culturas más representativas del periodo son: Manteño, Huancavilca, Milagro-Quevedo, Pasto, Caranqui, Yumbo, Panzaleo, Puruha, Cañari, Palta. (McEwan y Delgado-Espinoza, 2008.

4. Incario. Cerrando el periodo de Integración y comúnmente enmarcada en él se encuentra la invasión incaica al territorio ecuatoriano. Sus efectos son desiguales en las distintas regiones del Ecuador.